Menyunting registry secara manual dapat mengakibatkan sistem operasi tidak stabil, atau bahkan mengalami kerusakan yang tidak dapat dikembalikan lagi. Microsoft pun menganjurkan penyuntingan registry agar hanya dilakukan oleh para profesional atau pengguna yang tahu apa yang sedang dilakukan. Registry yang rusak hanya dapat dikembalikan dengan cara instalasi ulang sistem operasi, atau menimpa berkas fisik registry dengan salinannya (backup) yang masih benar dan baik.