1Kecepatan akses
Secara umum NTFS mempunyai kecepatan akses file yang lebih baik daripada FAT32
NTFS dan FAT32 mempunyai ukuran maksimal partisi sebesar 2 terabytes
Ukuran Maksimal file NTFS tidak terbatas sesuai ukuran partisi
Ukuran Maksimal file FAT32 sebesar 4 Gigabyte
Jumlah cluster NTFS tidak terbatas
Jumlah cluster FAT32 maksimal 268.435.456 cluster
NTFS memiliki buit in security yang memungkinkan untuk mengatur permission dari masing-masing file maupun direktori Sedangkan FAT32 tidak memiliki
NTFS menggunakan standart transaction logging sehingga pemulihan terhadap kesalahan yang tidak diinginkan dapat dilakukan dengan mudah
NTFS lebih hemat daripada FAT32 karena NTFS menggunakan cluster yang lebih kecil
Partisi yang menggunakan NTFS hanya dapat diakses oleh partisi lain yang juga menggunakan NTFS. Partisi yang menggunakan NTFS tidak dapat dibaca oleh partisi yang menggunakan FAT32. Partisi yang menggunakan FAT32 dapat diakses oleh partisi lain baik yang menggunakan FAT32 maupun NTFS. FAT32 lebih compatible, baik dengan FAT32 sendiri maupun NTFS.